由於口腔潰瘍病因尚不明確，目前無法根治。治療原則是以消除病因、增強體質、對症治療，以減少復發次數，延長髮病的間歇期，減輕疼痛，促進癒合。治療方法主要包括：

1、局部物理治療：包括激光、低頻超聲、化學腐蝕、物理屏障等；　　

2、局部抗炎藥物：通常用氯己定、金黴素等藥物；

3、局部皮質類固醇激素：一般用氫化可的松或者氟輕鬆、潑尼松龍藥膜，也就是俗稱的口腔潰瘍膜貼敷或者噴劑進行治療；

4、局部止痛：因為口腔潰瘍會很疼，有一些局部的止痛凝膠，或者是含有止痛劑的口腔潰瘍進行止痛治療；

5、其他局部抗炎製劑：可以用阿司匹林含漱或者是雙氯酚酸、胃潰寧等藥物進行局部的治療； 　　

6、全身用藥：潑尼松龍、沙利度胺、左旋咪唑或者秋水仙鹼等。