鵝口瘡的病因主要是口腔念珠菌感染。在治療上以抗真菌治療為主，目前的治療方法推薦應用制黴菌素，用兩片制黴菌素片研成粉末加入20mL甘油混勻，進行口腔塗抹治療，3-5次/日，睡前用1次，在療程上不要少於兩週。

注意症狀消失以後要繼續用藥，防止療程不到，病情反覆。另外可以結合碳酸氫鈉進行治療，將碳酸氫鈉稀釋成1.4%液體，每天進行口腔清潔護理，保持口腔局部弱鹼性的環境，不利於真菌生長。其次在小兒日常護理上要特別注意奶瓶的消毒，母親的乳頭要注意清潔。