對於尿道的尖銳溼疣，可以通過激光進行切除，但藥物塗抹較為複雜。目前對於尿道口塗藥通常需將干擾素塗抹到尿道口中，並應完善消毒措施，而且在塗藥後需要擠壓尿道時藥物作用到溼疣表面，但通常效果不佳。對於此類患者可選擇尿道灌藥的方法，將5-氟尿嘧啶灌入尿道並作用於存在溼疣的部位。

尿道塗藥的療效不佳，且易引起尿道感染，並且患者自行塗抹藥物的方法通常並不正確。若患者在醫院塗抹藥物，可以充分消毒後在尿道口塗抹抗病毒的藥物，包括干擾素以及5-氟尿嘧啶等，存在一定的效果，但作用較為有限。