腸鏡檢查原理是使用一根可視電子腸鏡從患者肛門或造口部位插進後，經過腸腔一直插到回盲部，然後逐漸推進，會觀察到各部位有無佔位性病變或本身腸道有無先天性異常、結構異常，另外觀察到腫塊還可取出進行病理活檢以明確診斷。

在進行腸鏡檢查過程中，可能會有腸鏡牽拉作用引起內臟疼痛與不適，絕大部分患者可耐受，少部分患者因為有生理性改變，腸道扭曲可能會引起疼痛與不適。目前也有無痛腸鏡檢查方法，部分患者如果無麻醉禁忌症，可通過麻醉進行無痛腸鏡。