大部分的病毒疣均可以根治，需根據不同類型的病毒疣考慮，人類乳頭瘤病毒感染所引起的扁平疣、尋常疣、蹠疣，其根治的方法，可以採用物理治療，比如尋常疣，可以通過激光、冷凍的方法治療，物理治療後同時可以局部塗抹外用藥物，比如抗病毒擦劑，包括其他醫院自制的藥物，也可以使用具有抗病毒的軟膏，比如干擾素的凝膠。

經過治療大部分病人可以痊癒，部分病人還可以反覆的發生，此時可能需要第二次，甚至第三次採用物理治療的方法。現在臨床上有一些疣體，也可以採用光動力的方法治療，如果是頑固的皮損，扁平疣不主張採用激光治療，部分區域也會採用激光的方法治療。我們更多的是採用中醫內服的方法，可以採用中藥的溼敷，包括使用抗病毒的擦劑，同時可以採用中醫的特色方法治療，比如火針。

因為尖銳溼疣的復發相對較嚴重，所以治療相對較複雜，很多病人反覆治療，可能反覆復發，此時同樣是採用物理治療的方法，同時局部外塗藥物，包括干擾素的凝膠或者是抗病毒的中藥擦劑，臨床上很多病人可能需要多次的激光治療，現在還有一種相對比較新的治療方法，就是光動力的治療方法，在臨床上應用也比較廣泛，通常進行2-3次治療，很多尖銳溼疣都可以根治。