普通腸鏡檢查痛苦程度取決於內鏡醫生的技巧、患者腸道的複雜程度及腸道準備情況等。結腸鏡檢查時，由於充氣和腸道牽拉，患者會出現腹痛、腹脹。

在切除結腸過程中，需要充氣到一定量以保證視野清晰，切除後再將氣體抽出，大部分患者無腹痛。若在操作過程中氣體進入結腸近端甚至達到小腸，且操作結束未能將氣體充分抽出，患者可出現腹痛。此類腹痛多數在術後6小時左右可緩解，若未緩解，還需警惕切除過深引起的炎症反應或穿孔。

腸鏡進入至回盲部需要80-100cm，在此過程中還需不斷充氣、吸氣，部分患者腹部進行過手術，導致腸道有粘連、腸道冗長或腸道準備不佳，會影響腸鏡效果且增加腸鏡的難度，因此檢查後會有腹部脹痛情況。