普通腸鏡檢查有時對於小腸病變是鞭長莫及，但膠囊內鏡能觀察到整個小腸病變情況，能夠填補普通胃腸鏡檢查盲區。膠囊內鏡是小腸疾病第一線診斷工具，對於胃鏡及結腸鏡檢查陰性，但腹部症狀仍持續存在的情況，有助於明確病因。

此外，對於需要食管內鏡檢查，但不願意接受或不能夠耐受胃食管鏡檢查者，以及對於需要接受結腸鏡檢查，但不能耐受或條件不允許者，還有對於結腸鏡無法到達迴盲瓣，但同時無消化道梗阻者，或是普通人群消化道病變篩查，亦可行膠囊內鏡檢查。