腸道菌群失調臨床常見於腸道感染，臨床表現常見為腹瀉，腹瀉伴隨大便性狀態改變，包括大便不成形、有黏液，甚至偶有膿血表現，可能出現腹痛、噁心、嘔吐、發熱等表現。

一般出現菌群失調，通過便培養採用針對細菌敏感性的藥物治療。病菌殺掉後，要重建腸道菌群，一般選用有益菌進行補充。另外，還要用胃黏膜保護藥物和止瀉藥物進行輔助治療。