真菌性毛囊炎可以採用口服、外用，或口服加外用的方法進行治療，以取得好的效果。真菌性毛囊炎一般指馬拉色菌感染的毛囊炎，馬拉色菌是一種酵母菌，一般在夏季出汗時容易多發，好發於胸部、背部，因為這些位置皮脂腺比較多，分佈比較旺盛。

針對真菌性毛囊炎，外用抗真菌藥主要是酮康唑、聯苯苄唑、特比萘芬、利拉萘酯、硫康唑等，這些抗真菌藥物都可以抑制馬拉色菌的生長，可以達到殺滅馬拉色菌的效果。口服藥物主要是伊曲康唑和氟康唑，口服後通過血液循環到達毛囊皮脂腺的位置，同樣可以抑制馬拉色菌的生長。