小兒腸套疊發病機理是腸管蠕動異常，即腸管進入後面的腸管引起套疊，可能是因為小孩腹瀉引起腸管蠕動異常。有些腸管跑得快，有些跑的慢，前面跑的快就套進後面的腸管，引起腸套疊。

一般發病年齡是4-10個月的兒童，嬰幼兒特別是春秋季節交換時容易發生。因為小兒腸管發育是回盲部遊離度較大，所以腸管容易蠕動異常。腸管進入後面引起套疊，也是腸套疊發病的一個原因。