診斷明確的先天性肥厚性幽門狹窄需要手術治療。先天性肥厚性幽門狹窄為幽門肌肥厚導致的幽門管腔狹窄，胃內容物不能進到十二指腸。病人因為長期嘔吐，尤其是病程較長的病人，會激發各種不同程度的水電解質、酸鹼平衡紊亂以及營養不良。因此手術之前要糾正代謝紊亂，改善病人營養狀況，再進行手術會較安全。

手術切開肥厚的幽門肌，撐大以後使黏膜膨出，和漿膜層平齊。現在做腹腔鏡下手術，為腹部打3個3mm的孔，用鉗子將肌層撐開，緩解症狀。腹腔鏡手術創傷更小，術後切口更加美觀，有利於病人恢復。患者術後4-6小時就可以進食，部分醫院術後24小時就可以出院，手術效果立竿見影。