病毒性的紅眼病主要用抗病毒的眼藥水，如阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋滴眼液或者是凝膠。如果合併感染，可以加用抗生素類的滴眼液，如妥布黴素滴眼液、加替沙星滴眼液。

如果合併有角膜的病變，還需滴用營養角膜，促進角膜癒合的藥物，如重組人表皮生長因子滴眼液、小牛血去蛋白提取物眼用凝膠等。病毒型的紅眼病稱腺病毒性角結膜炎，傳染性極強，除了結膜充血、眼睛疼痛、怕光，還會有角膜的病變，角膜上可出現彌散的斑點狀的上皮損害，病毒性紅眼病分泌物是水樣的分泌物。