目前臨床上還沒有徹底研究清楚胼胝體發育不良的原因，可能與遺傳因素、環境因素以及感染因素有一定的關係，如：

1、遺傳因素：有些學者認為胼胝體發育不良是由於基因在胚胎髮育的過程中出現突變、缺失或者重排；胚胎髮育過程中染色體出現異常，比如染色體缺失、增多或者排列異常，從而影響胼胝體發育，導致胼胝體發育不良的臨床表現；

2、發育環境：可能在胚胎時期存在有缺血、缺氧的改變，特定的環境因素也可以影響胼胝體發育，比如媽媽在妊娠期間吸菸、酗酒，可導致出生之後出現胼胝體發育不良的臨床表現；

3、感染因素：由於特殊的細菌或者是病毒感染，影響胚胎時期胼胝體的發育，從而導致胼胝體發育不良的症狀。