小兒皰疹性咽峽炎沒有特效抗病毒藥物，皰疹性咽峽炎24-48小時之內，給予干擾素進行霧化吸入，或者口腔噴干擾素，能夠較快將皰疹病毒抑制住，起到良好效果。

皰疹性咽峽炎主要採取對症治療：一方面注意口腔衛生，多喝水、勤漱口，飲食方面儘量食用流質飲食、清淡飲食，偏甜食、少吃鹹食，皰疹在口腔會破潰，形成潰瘍面，進食含鹽份的食物，會刺激疼痛加重。另一方面有發熱、勤測體溫，超過38.5℃以上，口服布洛芬、對乙酰氨基酚等藥物；不超過38.5℃，儘量選擇物理降溫，多喝水、貼退熱貼、溫水擦拭、洗溫水澡等。

皰疹性咽峽炎合併中毒性腦病，需要給予甘露醇降低顱內壓；合併中毒性心肌炎，或者合併心衰，需要及時給予抗心衰等治療。