皰疹性咽峽炎主要是由柯薩奇病毒A4感染所引起，而柯薩奇病毒是一種腸病毒，一般分為A、B兩類，人體比較常見，可以通過呼吸道和消化道感染人體，感染人體以後，可以出現發熱、打噴嚏等感冒症狀。

皰疹性咽峽炎主要是病損分佈在口腔中的咽峽部，在口腔後部包括軟顎、懸雍垂以及扁桃腺，出現了成簇的小水泡，而這些部位在吞嚥或進食時進行摩擦，很快又可以形成潰瘍。

皰疹性咽峽炎有自限性，只要沒有繼發感染，整個病程大約七天左右便可以自愈。