醫生進行色素痣治療時常用方法有兩種，一種是激光或者冷凍方法，另一種是手術方法。冷凍完以後因為沒辦法準確控制色素痣去除深度，所以這種冷凍治療後色素痣復發概率比較高。若使用激光去除色素痣方法，因某些色素痣深度比較深，而且色素痣治療以後色素痣顆粒與激光治療後遺留碳化痕跡難以鑑別，某些遺留的色素顆粒可能會引起局部黑色素復發。

而手術治療方法相對徹底，因為手術治療範圍基本包括色素痣外緣，色素痣深度可切到皮膚全層甚至達到皮下層。深度比較深或者範圍比較大的色素痣，建議進行預防性手術切除，才能保證取得色素痣的根治效果。