治療傳染性軟疣通常需要破壞每個損害方能有效。通常可以通過冷凍刮匙器刮除或者電灼、激光或者腐蝕療法去除軟疣小體，泛發性傳染性軟疣亦可口服藥物治療。

1、局部治療：

(1)刮匙器刮除：用刮匙從根部刮除疣體，然後再外塗2%的碘酒或百多邦軟膏，並壓迫止血；

(2)液氮冷凍：每次6-10秒，根據病情的需要可在3周內重複使用；

(3)電灼治療：局部用電灼術祛除疣體；

(4)藥膏外塗：如0.5%的鬼臼毒素乳膏、1%的西多福韋軟膏、5%的咪喹莫特乳膏等；

2、口服藥物治療：包括西咪替丁、灰黃黴素。