傳染性軟疣極易復發。傳染性軟疣的復發的原因有多種因素，具體如下：

1、患者的免疫功能下降，尤其是細胞免疫功能下降是復發的主要原因；

2、在治療傳染性軟疣時，沒有有效的清除殘餘的皮疹；

3、原有的皮疹周圍已經有亞臨床感染症狀，肉眼不能辨別的情況下，經過一段時間後就會發展成疣；

4、夫妻雙方交叉感染也可能會引發病情的反覆；

5、因搔抓或者個人衛生不良從而引起的自身接種等等。

部分患者發病幾個月以後，皮損可以發生斑片狀溼疹樣的改變，跟眼睛周圍有皮炎時，甚至可以引發慢性結膜炎及淺表性的點狀角膜炎。