單純皰疹治療原則為縮短病程，防止繼發細菌感染和全身播散，減少復發和傳播機會。治療方法如下：
1、抗病毒治療，抗病毒治療又分為：原發性單純皰疹，抗病毒治療適用於嚴重的或潛在嚴重的原發性單純皰疹病毒感染，可選用阿昔洛韋每次200mg，每日5次或者每次400mg，每日3次口服，或者伐昔洛韋每次500mg，每日2次口服，或者泛昔洛韋每次250mg，每日3次口服，療程一般是7-10天；複發性單純皰疹的治療最好是在前期症狀或者皮損出現24小時內開始治療，阿昔洛偉每次200mg，每日5次或是每次400mg，每日3次口服，或者伐昔洛韋每次500mg，每日1-2次口服或者泛昔洛韋每次125mg，每日2次口服，療程一般5天；頻繁複發性一般指的是一年復發6次以上者，可採用每日抑制療法減少復發次數及阿昔洛韋每次400mg，每日3次口服或者伐昔洛韋每次500mg，每日1次治療，或者泛昔洛韋每次250mg，每日2次治療，一般需要連續口服6-12個月；原發感染症狀嚴重或皮損、皮疹廣泛者，阿昔洛韋5-10mg/（kg·d），分3次經靜脈滴注，療程一般為5-7天，使用本藥時注意緩慢靜脈滴注，同時適當補充水分，腎功能不全患者需要根據腎功能調節劑量；嚴重單純皰疹對阿昔洛韋耐藥者可考慮用磷鉀酸鈉治療；
2、外用藥物以收斂乾燥和防止復發、繼發為主，可選用3%的阿昔洛韋軟膏、1%的噴昔洛韋軟膏或硫磺爐甘石洗劑，有繼發感染者可選用0.5%的新黴素霜、莫匹羅星軟膏，對於皰疹性齦齒炎患者應保持口腔清潔，並用1:1000苯扎溴銨溶液含服。