咖啡斑一般不採取手術治療。部分幼兒時期的咖啡斑，由於兒童體表生長，咖啡斑也成比例擴大，可行手術切除。但咖啡斑手術切除後會留有疤痕，從而影響美觀，也會產生痛癢症狀，甚至會對患者就業產生影響，臨床較少採用。

且手術切除後還需進行祛疤治療，部分患者疤痕為不可逆狀態，給患者帶來多重困擾。建議患者對手術切除咖啡斑持謹慎態度，嚴格把握尺度，以免留有後遺症。