若臨床懷疑患者患有鼻咽癌，需要對其進行病理診斷。可使用鼻咽鏡取活檢組織，進行病理檢查，即病灶定性診斷，確定是否為鼻咽部惡性腫瘤。

如果病理診斷確診為鼻咽癌，還需要進行影像學檢查確定疾病分期及病灶受累範圍，如顱腦或鼻咽部強化核磁共振檢查，甚至PET-CT檢查。此外，常規檢查包括EB病毒、HPV病毒檢查，可用於指導患者後續治療。