囊腫型淋巴管畸形的治療首先要明確診斷，淋巴管畸形大部分發生在頭頸部，通常需要判斷病變發生的部位和大小，除體格檢查，還要通過影像學檢查，比如磁共振，可以看到病變範圍與周圍組織的關係。磁共振檢查以後，甚至可以做穿刺檢查，可以抽出草黃色淋巴液樣的液體，但是這種液體外觀類似於雞蛋清，但是不粘、不容易凝固。這些檢查大致可以判斷是否是囊性淋巴管畸形。

對於囊性淋巴管畸形的治療，主要還是根據病變大小、所處位置關係，確定治療方案。如果病變比較淺表或者是單一，而且病變又比較小，單純的手術可以達到非常好的治療效果。但是如果病變範圍很大，位置又很深，累及到比較重要的解剖結構，比如氣管、喉或會厭，單純的手術治療可能會引起比較大的功能障礙。這時可能會結合手術和硬化劑的治療控制病變的發展。病變越大，復發比例越高，可能需要通過反覆的治療達到比較好的治療效果。