肝母細胞瘤在兒童惡性腫瘤中預後較好，即有較大希望獲得治癒，腫瘤的治癒一般是指長期緩解，一般隨訪5年不復發，後期復發機會較小，但並非絕對。肝母細胞瘤總體長期緩解率在70%-80%，部分類型較好的可達90%。

肝母細胞瘤為兒童肝臟惡性腫瘤中最常見的類型，和成人不同，成人肝臟腫瘤最常見的是肝癌。兒童也具有自身特點，相對成人而言，治癒率較高。根據國際上統計，肝母細胞瘤總體治癒率＞75%，也就是五年生存率可達75%以上。但具體的生存率與分期、病理類型有關，Ⅰ期、Ⅱ期屬於較早期，存活率可達80%-90%。如果病理類型為胎兒型，生存率可達到將近100%，治癒率也非常高。但治癒率高並非意味著所有肝母細胞瘤預後都非常好，尤其發現時已經為Ⅳ期，生存率還是較低，目前可能僅有50%-60%的生存率。總體而言，肝母細胞瘤治癒率非常高，預後非常樂觀，大部分患兒可以一直生存，基本可以正常生活、工作和學習。