在就診或剛發現肝母細胞瘤時，很難對患者的預後進行判斷。有諸多因素影響肝母細胞瘤的治療，現在也有國際標準的危險度分級系統，危險度分級越高，遠期治療效果越差。同時，每個人對於手術或者化療的反應不同，因此在疾病早期很難判斷肝母細胞瘤治療效果。但醫生往往會根據患者的發病細節、臨床特徵，以及治療後反應對預後進行大致的判斷。如果存在遠處轉移、腫瘤破裂、血管侵犯，或者在大血管內存在腫瘤栓子，均可能嚴重影響遠期治療效果。

肝母細胞瘤的重要血清標誌物是甲胎蛋白，若治療之後甲胎蛋白在短期內有明顯下降，同時伴有腫瘤體積迅速縮小，患者遠期治療效果相對較好。若經過術前化療、手術切除、術後化療，甲胎蛋白下降速度比較緩慢，甚至下降後再次升高，以及在正常值上進行反覆波動，此類患者遠期治療效果相對較差。