質子治療本質上是局部放射治療，相對於普通放療安全性更好，對周圍組織、器官保護性相對更強，因此更多地應用於中樞神經系統腫瘤，如腦瘤、頭頸部腫瘤。本身肝臟放療劑量相對較小，且腹部臟器對放射性治療耐受相對較好，因此質子治療相對於普通放療無法在肝母細胞瘤患者身上體現出較強的優勢，不會作為常規推薦；但對於複雜難治、復發，或者肝臟之前接觸過普通放療的患者，以及腦轉移等中樞神經系統轉移的患者，可以嘗試進行質子治療。

相對於放療而言，肝母細胞瘤對化療較為敏感，且大部分患者通過術前化療後都能得到手術切除機會，故現在國內外診療常規或專家共識並不常規推薦放療，依然以手術切除加術前和術後正規化療為主。而對於以下患兒可根據其自身情況和家長意願嘗試進行放療：

1、肝母細胞瘤復發或者複雜難治的患者，且進行常規手術或化療效果並不理想；

2、肝母細胞瘤對化療不敏感，患者沒有手術機會；

3、肝母細胞瘤出現復發，患者不能再耐受化療或者二次手術。