囊性腎癌並不可怕，目前對於絕大多數囊性腎癌其整體預後相對較好。囊性腎癌實際只是腫瘤的表現形式呈囊性，並不是純粹的實性，決定腫瘤預後的因素，形式只是一方面，更重要的是腫瘤分期，以及腫瘤的細胞類型。現有研究顯示，對於囊性腎癌絕大多數類型是透明細胞癌，而且是相對透明的細胞癌，其整體預後比透明細胞癌要好，即囊性腎癌中細胞絕大多數的惡性程度，要低於實性透明細胞癌，如乳頭狀細胞癌也可能會呈囊性表現，且預後會比較差，但在人群中屬於發生率較低的腫瘤，因此多數囊性腎癌，其中多數是以透明細胞癌等細胞類型為主。

針對以透明細胞為主的囊性腎癌，其預後可參考透明細胞癌。對於T1期，或對於侷限於腎臟內的T2期腎細胞癌，或腎透明細胞癌，患者在接受腎部分切除，或根治性切除後，其5年生存率可以高達85%-95%。而由於絕大多數的囊性腎癌其細胞惡性程度，即腫瘤細胞的惡性程度要低於腎透明細胞癌，因此其整體預後較好。臨床對於比較小的囊性腎癌，通常可採取部分切除術，而對於比較大的因為要避免囊壁破裂、腫瘤細胞的外溢，所以根治性切除也是比較好的選擇。