胰腺囊腺瘤並沒有一個有效的藥物治療，唯一的治療方法就是手術切除。並不是所有的胰腺囊腺瘤都有必要切除，有一些病人囊腺瘤體積比較小，從臨床上就可以判斷是漿液性囊腺瘤，而且經過了一段時間的觀察，腫瘤的大小非常穩定，可以先不考慮手術，做臨床定期隨診。

進入手術適應症的病人，胰腺腫瘤大於6釐米，或者有黏液性囊腺瘤影像學的表現，進行手術治療，根據腫瘤位置的不同，手術方式會有所不同。如果腫瘤位於胰腺表面，非常表淺，可以做囊腺瘤局部摘除。如果腫瘤位於胰腺體尾部，腫瘤又比較大，要做胰腺的胰體尾切除。病人腫瘤位於胰頭，可能要做更大的手術，胰十二指腸切除術。