惡性骨腫瘤總體的發生率非常低，大概是3/1000000-5/1000000，所以這是少發腫瘤。少發腫瘤由內部因素和外部因素導致。

內部因素，目前的醫學研究認為兒童的惡性骨腫瘤存在基因本身的變異，如尤文肉瘤由融合基因導致、骨肉瘤複雜多變的基因改變與發病有密切關係。外部因素，同樣也有研究發現惡性骨腫瘤和環境汙染、放射性物體有一定關聯，如在實驗模型中部分化學物質可以導致骨肉瘤的發生。

但總的來講，兒童惡性骨腫瘤的發病原因尚未明確，還需進一步研究。