有很多因素影響骨腫瘤復發，針對不同骨腫瘤的性質，復發原因各不相同，比如骨良性腫瘤，復發概率很小，大多是因為病灶殘留，或者因為骨腫瘤發生的機制不明確，比如骨囊腫可以復發。但這些病灶為良性，在不影響骨強度、神經功能的情況下，局部沒有臨床症狀，可以進行臨床觀察，不需要進行處理，因為為良性，基本不會進展。對於部分帶有侵襲性的腫瘤，比如骨鉅細胞瘤，這些腫瘤的復發往往是因為局部病灶處理不夠到位引起，腫瘤殘留在內部，這是骨鉅細胞瘤常見的復發原因。這樣的病人需要重新把病灶再按照最規範的手段，徹底處理乾淨，大部分時候可以做病灶內刮，可能切掉這一段骨頭，在徹底清除乾淨病灶的基礎上複發率很低。

原發惡性腫瘤，復發原因很複雜，因為這些腫瘤的惡性度很高，可能會隨著血液在全身到處流動，可能局部浸潤範圍超過影像學以及臨床的判斷的範圍，這樣的病人的局部復發很難估計。對於這些病人的治療保障，還是依靠全身化療，化療有效的情況下，複發率相對較低。若腫瘤對化療不敏感，復發機會更大。對於有些腫瘤，比如尤文氏肉瘤，通過輔助放療，局部復發機會較低。有一些特殊部位的尤文氏肉瘤，如果不放療，復發機會也會高，這些因素都會影響到腫瘤的復發結果。