結腸腺瘤樣增生最佳的治療方式是內鏡下切除，對於較大的增生，有時候內鏡很難治療，比如超過2-3cm以上或強烈懷疑已經有惡變，內鏡無能為力，這時需進行外科手術。外科手術主要包括微創、開腹，主要選擇微創，手術切口較小，手術後第二天就可下地，術後一週可以出院。

對於手術的要求，切除範圍無需過大，把腫瘤局部腸段切除即可，影響不大，但強烈建議及早做腸鏡檢查，腸鏡切除可以和沒做過手術相同，2-3天即可出院，而且腸鏡可以將整個結腸都觀察到，如果有多發腺瘤樣增生，可以同時處理，而手術可能只能處理局部較大的增生，所以患者應儘早到醫院做腸鏡檢查，早期做內鏡下切除最好。