磷黴素氨丁三醇散可能會引起腹瀉，服用後偶爾會出現噁心、胃灼熱、腹瀉和皮疹等不良反應，腹瀉發生率大約為10%，通常表現為輕微腹瀉，無需特殊治療可自行消退。長期服藥後可能出現嚴重腹瀉，如水樣或血性腹瀉，是因長期服藥改變結腸正常菌群，造成腸道菌群失調，艱難梭菌過度生長，導致相關腹瀉。

如果出現嚴重水樣或血性腹瀉，應及時就醫，由醫生決定是否停藥或採取相關治療。如果伴嘔吐或脫水等症狀，應補充電解質，可服用口服補液鹽等藥物。如果出現休克，應予以抗休克對症治療，禁止使用導致腸蠕動的藥物。日常可在醫生指導下服用乳酸菌片調節腸道菌群，服藥期間應忌生冷、辛辣和油膩食物。日常可以食用酸奶、奶酪、泡菜等，其中含有益生菌，可以有效調節腸道菌群。