陰莖癌若出現遠處轉移，主要治療措施是全身化療。而對於早期陰莖癌，手術輔助放化療效果較理想，如為晚期腫瘤，預後較差。因此陰莖癌根據分期情況，可做出綜合治療，對於早期陰莖癌可做陰莖部分切除或陰莖全切，在陰莖全切基礎上還需做雙側腹股溝淋巴清掃，必要時還需做髂血管、盆腔淋巴清掃。

此外，做淋巴清掃後需根據清掃情況，手術後輔助放療或化療。