頸動脈斑塊手術沒有百分之百安全，且手術或多或少會產生併發症，患者可選擇有經驗的醫生或醫療團體、治療中心，以降低併發症的發生率。頸動脈斑塊手術包括開放式手術及介入微創手術，術後共同的併發症主要是缺血性腦卒中及腦出血，病情較重，可引起明顯的後遺症，如半身不遂、失語等，而其它的小的併發症，其發生率較前者相對較高，但易處理，不易引起明顯的後遺症。