肝動脈化療栓塞術較安全，術後併發症少，可能出現的併發症是穿刺部位局部血腫、出血。術後肝區疼痛主要是栓塞後脹痛，噁心、嘔吐等消化系統反應是化療藥物導致，可以對症使用止吐藥物。栓塞治療後局部出現壞死，可能會引起發熱，對症處理主要是退熱，必要時給予抗生素治療。

肝功能損傷通常是一過性，積極護肝治療後可在短期內好轉。肝動脈化療栓塞術的併發症，還包括異位栓塞，臨床較少見，本來堵塞腫瘤血管的栓塞劑飄到其它部位，如肺部，可引起肺部血管堵塞，導致咳嗽、呼吸困難等，到腦部可引起中風等，但可能性較小。肝動脈化療栓塞術最常見的術後併發症，為一過性肝區疼痛以及消化系統反應，如噁心、嘔吐等。