自身免疫性肝炎，因為目前病因不明，相對診斷亦是比較困難，需要病理學的診斷，就是在肝組織活檢裡邊取1塊肝組織到顯微鏡下，根據自身免疫性肝炎的表現進行確診。所以相對治療並沒有特別較好的辦法，嚴格意義來講，並不能徹底治癒。目前臨床上所使用的標準治療是激素加上免疫抑制劑，比如硫唑嘌呤類藥物。此類藥對身體損傷也是比較嚴重，而且自身免疫性肝炎治療是長期的過程，經過3-5年的治療之後，又進行第2次的肝穿，發現患者肝臟的炎症已經緩解，此時才有停藥的指徵。

停藥之後也並非是一勞永逸，需要定期進行檢查，查看患者的肝功能，特別是谷丙轉氨酶、穀草轉氨酶的情況，如果存在波動，還需治療。所以自身免疫性肝炎治療是一種長期、反覆的過程，需要進行第2次肝穿，需要使用激素，需要使用免疫抑制劑，而免疫抑制劑和激素的使用，只存在一種減量的過程，並不能很快就能停藥，而減藥到停藥又是漫長的過程。