自身免疫性肝炎主要是由於自身抗體產生造成的肝細胞水腫、壞死、肝小葉破壞，所以實驗室表現為轉氨酶升高，谷丙轉氨酶、穀草轉氨酶升高，膽紅素表現為總膽紅素、直接膽紅素、間接膽紅素升高，一個肝細胞性黃疸。如果自身免疫性肝炎侵犯膽管上皮細胞，還會表現為鹼性磷酸酶和γ-GT升高。自身免疫性肝炎和其它肝炎臨床表現相近，主要是乏力、低熱、右上腹脹痛、不適、厭油、噁心、嘔吐、尿黃表現，如果不及時治療，病人就會轉成慢性，症狀會長期持續2個月、3個月，甚至4-5年時間，一直進展到肝硬化、肝功能衰竭，出現肝功能衰竭表現，對雌激素滅活也會發生異常，表現為上腔靜脈區域，比如前胸、手掌出現蜘蛛痣。