精神分裂症目前有一種神經發育異常假說認為，由於遺傳易感性和某些神經發育危險因素，如妊娠期與出生時併發症、懷孕期間暴露於流感病毒或者母愛剝奪等相互作用，在胚胎期大腦發育過程中出現某種神經病理的改變。

主要是新皮質形成期的神經細胞，從大腦深部向皮質遷移的過程中出現紊亂，從而導致心理整合功能異常，即刻效應並不顯著，但隨著進入青春期或成年早期，在外界環境因素的不良刺激下，會導致患者出現精神分裂症。