自身免疫性肝炎因病因尚不清楚，目前尚無預防辦法。該病屬基因與環境相互影響的結果，但易感基因或環境因素目前尚未研究清楚，部分患者可因服用藥物引起該病，如非必須用藥，建議慎重服用藥物或保健品。此外，該病臨床確診率並不高，多數患者出現輕度肝功能異常後，未引起重視，經過幾年甚至十幾年後才確診該病，此時已延誤較佳治療時機。一旦發現不明原因肝功能異常，建議儘快到專科醫院就診，排查是否為自身免疫性肝炎問題。