由於磁共振是一種氫質子成像，對人體一般無明顯的危害。如患有幽閉恐懼症，患者進行核磁共振檢查時，可能會出現恐懼和躁動，對患者造成危害；由於核磁共振機器會產生巨大噪聲，尤為進行梯度切換時，如聽力非常敏感的患者進行核磁共振檢查，可能會對患者的心理造成影響。與核磁共振檢查相比較，CT檢查速度較快，但可能會對患者產生射線損害，且不能進行多平面掃描。