部分門脈高壓症的患者需要手術治療，比如食管胃底靜脈曲張的患者，這部分患者時刻面臨著血管破裂大出血的風險，會嚴重威脅患者生命。對於反覆出血或者已經出血的門脈高壓症患者，在藥物、內鏡治療無效時，可以考慮外科手術治療，以減少大出血發生概率，達到止血目的。

對於合併脾功能亢進的患者，可以通過脾切除術，減輕脾功能亢進症狀。如果同時合併肝硬化，有合適肝源情況下，部分患者可以通過肝移植治療肝硬化所導致的門脈高壓症。如果患者已經出現肝癌，應該在肝功能尚好的情況下儘早進行手術治療。手術是門脈高壓症患者較為重要的治療手段。