軀體化障礙的發病原因尚不明確。目前研究結果顯示，軀體形式障礙的病因是多因素的，包括社會因素、生物學因素等，具體如下：

1、心理社會因素：幼時受到父母過多照顧，兒童期患病經歷、創傷、長期與慢性疾病患者共同生活中存在的現實衝突等，均可能為易患因素。繼發性獲益可能是另一個重要因素，因為這類軀體疾病可在潛意識中為患者變相地發洩，緩解情緒衝突，也可因病迴避社會責任，並獲得更多的關心、保護與照顧。部分患者的起病屬醫源性，軀體症狀在不同的社會文化中可以有多重性象徵意義，並具備某些社會功能。由於環境、人口、醫療設備的限制，患者在繁忙擁擠的醫療機構中常隱藏情緒症狀，以直接、易被接受的軀體症狀為主訴；

2、生物學因素：軀體形式障礙可有家族聚集的現象，約20%的軀體化障礙的患者女性一級親屬中也符合軀體化障礙的診斷。軀體形式障礙的家族聚集性可以受到遺傳、環境因素或兩者共同的影響。有研究認為，軀體形式障礙的患者可能存在腦幹網絡結構濾過功能的失調，腦幹網狀結構維持意識狀態，保持正常的注意和喚醒功能，過濾不必要的信息。當濾過功能失調後，過去不被患者感知的內臟器官活動被感知，致使注意力由外轉向身體內部，情緒焦慮、緊張時，體內各種生理變化加劇，如神經內分泌、血液生化等改變，不斷上傳被感受，可能被患者感知為軀體不適與症狀。