鼻中隔微創手術術後有輕微疼痛，相較傳統的鼻中隔偏曲矯正疼痛稍輕微。鼻中隔微創手術疼痛較輕的原因是在內鏡下進行，術中切口小，切除的鼻中隔的軟骨和骨部較少，組織損傷較輕，且術中大部分僅是分離鼻中隔左側的黏膜，不分離鼻中隔右側的黏膜，只需矯正張力帶。此外鼻中隔術後縫合鼻中隔，不進行鼻腔填塞，可減少凡士林紗條填塞引起的疼痛、悶脹感，甚至頭疼等一系列痛苦的反應。