青少年憂鬱的原因目前尚不清楚，關於憂鬱症或者抑鬱症的病因還在探討階段，目前比較一致的觀點是多因素疾病，若干個因素共同作用，使疾病發生。在諸多因素中，關鍵作用是遺傳，但不是唯一的因素，並非單基因遺傳病，而是多因素遺傳的方式，呈家族聚居性。如果家族出現抑鬱症病人，後代抑鬱風險相比沒有抑鬱患者的其他家族較高，但並不是每代均會患病。

抑鬱的發生，除遺傳外的其他因素有腦結構與功能變化，如神經生化學變化，社會心理學因素，如童年成長、創傷、不良遭遇等。成年後的社會壓力、不良事件打擊，以及人際關係等環境因素也參與疾病發生。綜合而言，青少年抑鬱是基因與環境相互交互的結果。