食管狹窄球囊擴張術，常見的併發症主要是胸骨後疼痛以及出血，疼痛、出血持續時間不長，疼痛在擴張時較明顯，擴張結束後大部分人逐漸消失。若疼痛難忍，有一部分可能持續1-2天，在住院期間使用止痛藥物後可以逐漸緩解。出血主要是局部黏膜撕裂導致，通常出血量較少，在操作前會評估凝血功能是否適合進行擴張治療，術中觀察局部黏膜情況，可以在術中使用止血藥物。通過止血藥物治療以後，在術中可以觀察到出血停止，較嚴重的併發症主要是穿孔，出現穿孔後可進一步導致血氣胸、縱隔以及胸腔感染，甚至可能一部分人因感染過重，年齡較大，可能會導致嚴重的後果。

通常在內鏡下絕大部分患者可以明確是否出現穿孔，如出現了小的穿孔，通常會要求禁食，或通過內鏡下金屬夾以及食管覆膜支架進行覆蓋治療，絕大部分可以好轉。擴張部位如果在賁門口，可能會導致術後反流性食管炎。這種情況患者會出現反酸、燒心、胸骨後不適等症狀，可使用抑酸藥物，即奧美拉唑抗反流治療後會逐漸好轉。對於部分有心臟疾患的患者，可能會導致心律失常等不良事件，通常要求在擴張前需進行心血管事件評估，避免出現相應情況。