引起咽炎的原因較多，其中有種稱為理化的氣體或粉塵刺激，其中煙作為氣體的不良刺激，可以引發咽炎。但並非所有患者，其咽炎均由吸菸或二手菸引起，主要存在較強的個體差異性。煙中含有尼古丁、焦油等成分，這些成分對於黏膜系統，均為不良刺激，可以引起黏膜系統上皮化，損傷黏膜下的杯狀細胞或纖毛功能，從而會引發咽部黏膜病變。

咽炎屬於咽部黏膜病變，所以吸菸在一定程度上，可以導致或加重咽炎。因此在治療標準上，第一條便寫的是要先禁菸、禁酒，所以抽菸對咽炎有一定的影響。若患有咽炎，儘量避免或少吸菸，以及儘量避免接觸二手菸。