慢性咽炎通常不會加重IgA腎病，但如果是反覆扁桃體感染，可能導致病人出現IgA腎病加重，甚至出現肉眼血尿等。如果確定病人扁桃體感染與IgA的肉眼血尿有關，可能會推薦切除扁桃體，減輕對病人腎臟的傷害。

IgA腎病的發病機制目前還不明確，有可能與免疫因素有關，免疫因素中較常與感染有關係。感染可以是細菌感染，也可以是病毒感染，甚至可以是原蟲感染等，感染會激活人體免疫系統而導致免疫紊亂，從而出現IgA腎病，是其可能的發病機制。慢性咽炎是咽喉部的慢性炎症，可能與細菌感染有一定關係，但是一般不會加重IgA腎病病情，但除外扁桃體感染的情況。