一般咽喉炎不會影響到核酸檢測。咽喉炎多因細菌感染或病毒感染所引起，表現為咽喉部黏膜廣泛的非特異性炎症。而核酸檢驗為取鼻部或者咽黏膜分泌物作為樣本，檢測感染病毒核酸，是否有新型冠狀病毒核酸存在，兩者沒有相關性。但在臨床上，核酸檢測一般會出現假陰性或假陽性的情況，可以採取反覆取樣、多次檢驗，達到結果一致為止。

咽喉炎分急性咽喉炎及慢性咽喉炎，急性咽喉炎常繼發於上呼吸道感染，在治療上以抗病毒藥物及抗生素，聯合治療效果良好。慢性咽喉炎多因急性咽喉炎反覆發作而導致，也可能為胃酸的反流，引起的反流性咽喉炎，另外外界空氣汙染、惡性氣體刺激，也為咽喉炎的成因。無論是急性咽喉炎還是慢性咽喉炎，通常都不會影響到核酸的檢測。