深度齲齒可以補牙，深度齲齒在臨床上叫做深齲，指細菌已經侵入到牙本質深層，當細菌侵入到牙本質深層後，往下發展會引起牙髓發炎。深齲時進行修復治療比較重要，如果發生深齲時，應在局麻下去除腐質，也就是已經壞死的物質，露出乾淨的組織後，可以對窩洞消毒。消毒後應進行墊底，可以用氫氧化鈣間接蓋髓，也可用玻璃離子墊底，然後再進行樹脂充填。通常深齲充填後，不會引起牙髓炎或根尖周炎。

部分情況下將深部齲齒修補後會出現疼痛，可能是牙體充填材料刺激，也可能是深齲過深已波及到牙髓，去除腐質時有少量牙髓露出，在進行牙體充填時沒有進行墊底，直接用樹脂進行充填，樹脂對牙髓產生刺激引發疼痛。深度齲齒應進行修補，且要2-3層進行墊底充填，避免刺激牙髓，阻止齲齒進一步發展。