肛管直腸炎一般採取保守治療，如患者程度不是很嚴重，可予以痔瘡栓或美沙拉秦栓，使其回家規律用藥；

如程度較重，可進行灌腸治療，常用的有複方黃柏液或康復新液，首先令患者排空直腸，先採取平臥位，再灌入藥液100ml左右，使其保留住，勿排出來，一段時間後再輪換體位，左側位、右側位、俯臥位，使其整個腸道均進行藥液的浸潤，藥液在腸道內至少待1-2個小時，效果較好。

此外，肛管直腸炎的患者，如工作較忙，可以早上塞栓，晚上回家再進行灌腸治療，痔瘡栓和灌腸的配合治療，其效果可能更好。