部分患兒做完顎裂手術後可能還需要進行二期整復，包括初次顎裂手術之後仍然存在影響語音結構功能異常，但顎裂術後軟顎本身功能不全或影響語音清晰度的顎瘻治療，顎裂手術目的是關閉裂隙恢復正常的顎咽閉合功能，為正常的語音創造條件。但並不是所有的顎裂患兒通過一次手術就能夠完全恢復，由於多方面的影響，由於畸形類型、畸形程度、軟顎發育、醫生技術、術後護理等，還有手術年齡都可能造成一次手術達不到顎咽閉合功能的目的。如果出現併發症影響顎咽閉合功能，並通過機能訓練又無法改善，需要考慮二次顎裂手術。顎裂二期整復的時機一般在初期顎裂手術1年以後，即第一次顎裂手術1年以後，但對於比較嚴重的復裂需要儘快再次手術，至少要上次手術後4-6個月以後才能再做。

顎裂二期整復的內容主要包括重建具有理想功能顎帆提肌的吊環，消除影響語音和口腔封閉的顎瘻，對於咽腔深大、軟顎短小的患者，應進行軟顎後推，對於嚴重的顎裂以及肌肉瘢痕進行鬆解。顎裂整復術另外一個目的是減少之後的咽成形術，因為早做，閉合功能恢復，不需要之後做咽成形術。因為咽成形術畢竟是非生理性結構，做顎成形術是生理性結構，所以儘量做二期整復以後就避免再次咽成形術，讓患兒顎咽閉合功能形式是在生理性的正常結構下進行，這就是做二期的目的。